Cách Giải Trình Với Cơ Quan Thuế Khi Quyết Toán

Cách Giải Trình Với Cơ Quan Thuế Khi Quyết Toán là kỹ năng quan trọng mà bất kỳ kế toán hoặc kế toán trưởng nào cũng cần nắm vững. Trong giai đoạn quyết toán thuế, việc cơ quan thuế yêu cầu giải trình số liệu, chứng từ hay các khoản chi phí là điều hoàn toàn bình thường. Tuy nhiên, không ít doanh nghiệp lúng túng vì không biết cách chuẩn bị hồ sơ, trình bày vấn đề hoặc xử lý các tình huống phát sinh một cách bài bản.

Trong bài viết dưới đây, Kế toán Lê Ánh sẽ hướng dẫn bạn cách xây dựng nội dung giải trình rõ ràng, logic, đầy đủ căn cứ pháp lý và tránh những sai sót thường gặp khi làm việc với cơ quan thuế. Đây sẽ là “cẩm nang” hữu ích giúp bạn tự tin hơn trong mùa quyết toán, hạn chế rủi ro bị truy thu, phạt chậm nộp hay bị đánh giá rủi ro cao trong các kỳ thanh tra sau này.

I. Giải Trình Thuế Là Gì? 

1. Định nghĩa “giải trình” trong thanh – kiểm tra thuế

Giải trình thuế là quá trình doanh nghiệp trình bày, cung cấp thông tin, số liệu, hồ sơ và căn cứ pháp lý nhằm làm rõ những điểm mà cơ quan thuế yêu cầu, thường là các nội dung có dấu hiệu bất thường, chưa rõ ràng hoặc có rủi ro về thuế.

Giải trình không đơn thuần là gửi lại một bảng số liệu, mà là:

- Xác định rõ vấn đề mà cơ quan thuế nêu ra.

- Trình bày lập luận một cách logic, có căn cứ, dựa trên số liệu kế toán, chứng từ gốc và quy định pháp luật thuế hiện hành.

- Chứng minh tính hợp lý, hợp lệ và hợp pháp của các khoản mục, nghiệp vụ hoặc chính sách thuế mà doanh nghiệp đã áp dụng.

Mục đích của giải trình là để cơ quan thuế hiểu rõ bản chất nghiệp vụ, tránh hiểu sai dẫn đến truy thu, phạt hoặc ấn định thuế.

2. Phân biệt giữa giải trình thông thường và giải trình trong thanh tra – kiểm tra thuế

Việc hiểu rõ hai hình thức này giúp kế toán trưởng lựa chọn cách chuẩn bị và trình bày phù hợp, tránh tình trạng đối phó hoặc thiếu chiều sâu khi cần giải trình ở cấp thanh tra.

II. Cơ Quan Thuế Thường Yêu Cầu Giải Trình Về Những Nội Dung Gì?

Dưới đây là những nhóm nội dung thường xuyên được cơ quan thuế kiểm tra trong quá trình quyết toán và yêu cầu giải trình.

1. Thuế GTGT – Tập trung vào khấu trừ, hóa đơn và doanh thu kê khai

Thuế GTGT là sắc thuế phát sinh thường xuyên nhất, có liên quan trực tiếp đến hệ thống hóa đơn đầu vào, đầu ra, nên cơ quan thuế đặc biệt quan tâm đến các nội dung sau:

a. Số thuế GTGT đầu vào khấu trừ nhiều kỳ

Doanh nghiệp liên tục kê khai số thuế GTGT khấu trừ chuyển kỳ sau lớn mà không có kế hoạch khấu trừ hết hoặc không phát sinh đầu ra tương ứng → cơ quan thuế thường nghi ngờ khả năng có hóa đơn “treo”, hóa đơn đầu vào không phục vụ hoạt động chịu thuế.

Các khoản khấu trừ lớn nhưng kéo dài nhiều kỳ có thể bị yêu cầu cung cấp bảng kê hóa đơn đầu vào chi tiết, hợp đồng, chứng từ thanh toán, biên bản nghiệm thu... để chứng minh tính hợp pháp và thực tế phát sinh.

b. Hóa đơn đầu vào bất thường

- Các hóa đơn có giá trị lớn, từ nhà cung cấp ít hoạt động, có rủi ro về thuế.

- Hóa đơn từ các doanh nghiệp “rủi ro cao” (theo danh sách cảnh báo của cơ quan thuế).

- Hóa đơn mua vào nhưng không có hàng hóa đầu ra tương ứng trong thời gian hợp lý.

- Hóa đơn có nội dung không phù hợp với ngành nghề của doanh nghiệp.

Trong các trường hợp này, doanh nghiệp thường phải giải trình tính hợp pháp của hóa đơn, phương thức thanh toán, đối tượng giao dịch, tính liên quan đến hoạt động sản xuất kinh doanh.

c. Doanh thu kê khai thấp bất thường

- Doanh thu giảm đột ngột trong khi chi phí và đầu vào không thay đổi → có thể bị nghi ngờ kê khai thiếu đầu ra.

- Các khoản giảm giá, chiết khấu, trả lại hàng hóa lớn nhưng không có tài liệu chứng minh rõ ràng.

- Doanh thu không khớp với dữ liệu hóa đơn điện tử phát hành.

Cơ quan thuế có thể đối chiếu dữ liệu hóa đơn, dữ liệu bên mua, dữ liệu ngân hàng để kiểm tra tính chính xác của doanh thu.

2. Thuế TNDN – Tập trung vào chi phí được trừ và kết quả kinh doanh

Thuế thu nhập doanh nghiệp thường gắn với hiệu quả kinh doanh và tính hợp lý của chi phí, do đó cơ quan thuế thường yêu cầu giải trình các vấn đề sau:

a. Chi phí được trừ không có đủ chứng từ hợp lệ

- Các khoản chi phí lớn nhưng thiếu hóa đơn, hợp đồng, chứng từ thanh toán không đúng quy định.

- Chi phí khuyến mại, quảng cáo, hoa hồng, tiếp khách, quà tặng… không rõ ràng hoặc vượt mức thông thường.
- Chi phí đầu tư, sửa chữa tài sản cố định nhưng không có biên bản nghiệm thu đầy đủ.

b. Doanh nghiệp lỗ liên tiếp nhiều năm

Trường hợp này thường bị xem là có dấu hiệu chuyển giá, lách thuế hoặc kê khai không trung thực. Cơ quan thuế sẽ yêu cầu phân tích chi tiết doanh thu, chi phí, giá vốn, chi phí quản lý để làm rõ nguyên nhân lỗ.

c. Chi phí quản lý nước ngoài, phí bản quyền, dịch vụ nội bộ (đối với DN FDI)

Các khoản chi phí trả cho công ty mẹ hoặc bên liên kết ở nước ngoài thường bị yêu cầu cung cấp hợp đồng dịch vụ, chứng từ chứng minh giá trị thực tế nhận được, chứng minh “lợi ích kinh tế” cho doanh nghiệp tại Việt Nam. Đây là nhóm chi phí dễ bị loại khi không có đầy đủ căn cứ.

d. Giao dịch liên kết

Các khoản vay, thanh toán nội bộ, chuyển giá, phí quản lý tập đoàn. Cơ quan thuế thường yêu cầu cung cấp Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP.

Đây là nhóm nội dung đòi hỏi kế toán trưởng phải chuẩn bị hồ sơ pháp lý và số liệu đầy đủ từ đầu, tránh giải trình bị động.

3. Thuế TNCN – Tập trung vào kê khai khấu trừ, lao động thời vụ và hợp đồng cộng tác viên

Thuế TNCN là sắc thuế dễ phát sinh chênh lệch do liên quan đến nhiều đối tượng người lao động và hợp đồng ngắn hạn.

- Kê khai khấu trừ không khớp: Cơ quan thuế đối chiếu dữ liệu kê khai TNCN với bảng lương, quyết toán TNCN, hoặc dữ liệu cá nhân trong hệ thống quản lý thuế. Nếu phát hiện chênh lệch, doanh nghiệp sẽ bị yêu cầu giải trình và điều chỉnh.

- Lao động thời vụ: Các khoản trả cho lao động thời vụ nhưng không khấu trừ đúng quy định, không có hợp đồng rõ ràng hoặc chứng từ thanh toán.

- Hợp đồng cộng tác viên: Cơ quan thuế kiểm tra xem doanh nghiệp có sử dụng hợp đồng cộng tác viên để “né” nghĩa vụ thuế TNCN, BHXH hay không.

Nếu hình thức là cộng tác viên nhưng bản chất là lao động thường xuyên → sẽ bị yêu cầu giải trình và truy thu thuế, bảo hiểm.

4. Chênh lệch dữ liệu giữa các báo cáo 

Một trong những lý do phổ biến khiến cơ quan thuế yêu cầu giải trình là chênh lệch số liệu giữa các báo cáo:

- Tờ khai thuế GTGT ↔ Báo cáo tài chính ↔ Báo cáo hóa đơn.

- Tờ khai thuế TNDN ↔ Báo cáo tài chính ↔ Bảng cân đối tài khoản.

- Dữ liệu hải quan ↔ Doanh thu xuất khẩu trên BCTC (đối với doanh nghiệp XNK).

- Doanh thu bán hàng ↔ dòng tiền thực tế trên báo cáo lưu chuyển tiền tệ.

Đây là những điểm rất dễ bị phát hiện qua hệ thống dữ liệu điện tử. Vì vậy, kế toán trưởng cần thường xuyên đối chiếu chéo để phát hiện và xử lý chênh lệch nội bộ trước khi cơ quan thuế yêu cầu.

5. Lưu ý đặc biệt cho các ngành nghề “nhạy cảm”

Một số ngành có đặc thù về dòng tiền, hóa đơn, giá vốn, chi phí hoặc chính sách thuế nên thường bị cơ quan thuế kiểm tra kỹ hơn, gồm:

- Ngành xây dựng – bất động sản: dễ phát sinh sai lệch giữa giá trị nghiệm thu, hóa đơn đầu ra và tiến độ thi công.

- Ngành xuất nhập khẩu: liên quan đến khai báo hải quan, tỷ giá, doanh thu xuất khẩu, ưu đãi thuế.

- Ngành thương mại: dễ có rủi ro về hóa đơn đầu vào đầu ra, chiết khấu, hàng khuyến mại.

- Doanh nghiệp FDI: tập trung vào giao dịch liên kết, chi phí quản lý nước ngoài, giá chuyển nhượng.

Nếu doanh nghiệp hoạt động trong các ngành này, việc chuẩn bị hồ sơ giải trình phải đặc biệt chặt chẽ và chi tiết.

>>> Xem thêm: Các loại sổ sách kế toán cần phải giải trình thanh tra thuế

III. Quy Trình Làm Việc & Giải Trình Với Cơ Quan Thuế Khi Quyết Toán

Khi cơ quan thuế gửi yêu cầu giải trình, kế toán trưởng và doanh nghiệp cần có quy trình xử lý rõ ràng, chuyên nghiệp, tránh tình trạng bị động, trả lời cảm tính hoặc thiếu căn cứ. 

Bước 1: Tiếp nhận yêu cầu giải trình

Thông thường, yêu cầu giải trình từ cơ quan thuế có thể được gửi qua:

- Thư điện tử chính thức của doanh nghiệp (đăng ký với cơ quan thuế).

- Văn bản giấy gửi qua đường bưu điện hoặc nộp trực tiếp.

- Hệ thống thuế điện tử (Etax), nơi cơ quan thuế đăng tải các thông báo yêu cầu bổ sung thông tin hoặc giải trình.

Khi tiếp nhận thông báo, kế toán trưởng cần:

- Kiểm tra kỹ nội dung, thời hạn phản hồi (thường là 3–5 ngày làm việc cho giải trình thông thường, lâu hơn cho giải trình thanh tra).

- Xác định hình thức phản hồi (văn bản, upload file lên hệ thống, làm việc trực tiếp…).

- Thông báo ngay cho ban giám đốc và các bộ phận liên quan (nếu cần), để thống nhất cách xử lý.

Lưu ý: Tất cả thông báo, phản hồi cần được lưu trữ có hệ thống (file mềm và bản cứng) để phục vụ tra cứu và giải trình lại nếu có yêu cầu tiếp theo.

Bước 2: Phân tích nội dung yêu cầu → Xác định đúng vấn đề

Trước khi bắt tay vào viết bản giải trình, cần hiểu chính xác cơ quan thuế đang hỏi điều gì.

Nhiều doanh nghiệp mắc sai lầm khi trả lời dàn trải, không đi thẳng trọng tâm, khiến cơ quan thuế yêu cầu giải trình bổ sung nhiều lần.

Khi phân tích yêu cầu, kế toán trưởng nên:

- Xác định rõ sắc thuế và khoản mục cụ thể được nêu. (Ví dụ: yêu cầu giải trình khoản chi phí tiếp khách tăng 150% so với năm trước).

- Phân tích nguyên nhân tiềm ẩn: do đặc thù hoạt động, thay đổi kế hoạch kinh doanh, điều chỉnh hạch toán hay do sai sót?

- Khoanh vùng thời gian, giao dịch, bộ phận liên quan → tránh rà soát lan man toàn bộ dữ liệu.
- Ghi chú những điểm cần làm rõ bằng căn cứ pháp lý hoặc chứng từ.

Bước 3: Thu thập hồ sơ – chứng từ – số liệu liên quan

Hồ sơ càng rõ ràng – đầy đủ – có logic, thì quá trình giải trình càng thuận lợi. Không nên nộp tài liệu dàn trải, thiếu tổ chức vì sẽ gây khó cho cả cơ quan thuế lẫn doanh nghiệp. Tùy nội dung yêu cầu, kế toán trưởng cần phối hợp với các bộ phận liên quan để thu thập:

- Hóa đơn, chứng từ gốc (đầu vào – đầu ra).

- Hợp đồng, phụ lục hợp đồng, biên bản nghiệm thu, bảng kê chi tiết.

- Bảng đối chiếu số liệu giữa tờ khai, sổ kế toán, báo cáo tài chính.

- Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (nếu liên quan đến chi phí được trừ).

- Bảng tổng hợp/giải thích biến động đối với các khoản tăng/giảm bất thường.

- Căn cứ pháp lý: điều khoản luật, thông tư, nghị định, công văn hướng dẫn liên quan.

Bước 4: Lập bản giải trình rõ ràng, có căn cứ pháp lý & số liệu đối chiếu logic

Một bản giải trình cần đảm bảo 3 yếu tố: Ngắn gọn – Đúng trọng tâm – Có căn cứ pháp lý.

Phần mở đầu: Nêu căn cứ thông báo yêu cầu giải trình (số, ngày văn bản), sắc thuế, nội dung chính cần giải trình.

Phần nội dung: 

• Trình bày ngắn gọn, rõ ràng từng nội dung giải trình theo đúng thứ tự cơ quan thuế nêu.

• Đưa ra số liệu đối chiếu (giữa tờ khai – sổ kế toán – BCTC) để minh chứng.

• Trích dẫn quy định pháp lý liên quan (ví dụ: Điều 6 Thông tư 78/2014/TT-BTC về chi phí được trừ).

• Nêu nguyên nhân hợp lý (nếu có biến động bất thường) và giải thích logic.

Phần kết: Xác nhận lại số liệu, cam kết tính chính xác và mong cơ quan thuế chấp nhận.

Lưu ý: Không viết dài dòng, vòng vo. Không dùng ngôn từ cảm tính (“do đặc thù doanh nghiệp”, “do khách quan”) mà không có số liệu, căn cứ và nên có người kiểm tra chéo bản giải trình trước khi gửi để đảm bảo tính nhất quán và chính xác.

Bước 5: Gửi bản giải trình & làm việc trực tiếp (nếu có yêu cầu)

Sau khi hoàn thiện bản giải trình, doanh nghiệp cần:

- Gửi đúng hình thức theo hướng dẫn của cơ quan thuế (qua Etax, văn bản giấy, email chính thức…).

- Đảm bảo thời hạn nộp đúng quy định để tránh bị chuyển sang bước xử lý thanh tra.

- Trường hợp cơ quan thuế yêu cầu làm việc trực tiếp thì chuẩn bị bản in hồ sơ, bản giải trình & file mềm để trình bày dễ dàng.

Người đại diện làm việc nên là kế toán trưởng hoặc người am hiểu sâu về nghiệp vụ. Giữ thái độ hợp tác, trình bày mạch lạc, không vòng vo, không tranh luận cảm tính và nhớ ghi biên bản làm việc đầy đủ, lưu lại để theo dõi bước sau.

Bước 6: Theo dõi phản hồi của cơ quan thuế & điều chỉnh (nếu cần)

Sau khi gửi giải trình, kế toán trưởng cần chủ động:

- Theo dõi tình trạng xử lý trên hệ thống Etax hoặc liên hệ cán bộ phụ trách để biết tiến độ.

- Nếu cơ quan thuế phản hồi yêu cầu bổ sung → rà soát kỹ nội dung còn thiếu, phản hồi nhanh chóng và đầy đủ.

- Nếu cơ quan thuế chấp nhận → lưu trữ toàn bộ hồ sơ giải trình theo đúng kỳ quyết toán.

- Trường hợp có sai sót được phát hiện → thực hiện điều chỉnh tờ khai, nộp bổ sung theo đúng quy định để tránh bị xử phạt sau.

IV. Kinh Nghiệm Thực Tế Khi Giải Trình Với Cơ Quan Thuế

Kinh nghiệm 1: Chuẩn bị sẵn “thư viện hồ sơ kế toán” theo từng sắc thuế

Một trong những sai lầm phổ biến của doanh nghiệp là chỉ chuẩn bị hồ sơ khi bị yêu cầu giải trình. Khi đó, kế toán thường phải “lục tung” chứng từ, bảng kê, hợp đồng… gây mất thời gian và dễ sai sót.

Cách làm chuyên nghiệp là xây dựng “thư viện hồ sơ kế toán – thuế” theo từng sắc thuế và cập nhật định kỳ. Cụ thể:

- Thuế GTGT: lưu bảng kê đầu vào – đầu ra, hợp đồng mua bán, hóa đơn, chứng từ thanh toán, bảng đối chiếu công nợ, biên bản nghiệm thu.

- Thuế TNDN: phân loại hồ sơ chi phí được trừ – không được trừ, bảng lỗ lũy kế, hồ sơ giao dịch liên kết, hồ sơ chuyển giá, chi phí quản lý nước ngoài.

- Thuế TNCN: bảng lương, hợp đồng lao động, hợp đồng cộng tác viên, chứng từ khấu trừ, tờ khai quyết toán TNCN.

- Hải quan – XNK: tờ khai hải quan, hóa đơn thương mại, vận đơn, bảng kê xuất khẩu, đối chiếu doanh thu ngoại tệ.

Kinh nghiệm 2: Đối chiếu số liệu 3 chiều: Tờ khai – Sổ kế toán – Báo cáo tài chính

Một trong những “bẫy” khiến doanh nghiệp bị yêu cầu giải trình là chênh lệch số liệu giữa các loại báo cáo, đặc biệt khi kê khai thuế và ghi nhận kế toán chưa đồng bộ.

Kế toán trưởng nên thiết lập quy trình đối chiếu định kỳ (hàng tháng/quý) giữa:

- Tờ khai thuế (GTGT, TNDN, TNCN)

- Sổ kế toán (sổ chi tiết, sổ cái tài khoản liên quan)

- Báo cáo tài chính (đặc biệt là chỉ tiêu doanh thu, chi phí, lợi nhuận, thuế phải nộp)

Ví dụ: nếu doanh thu trên báo cáo tài chính cao hơn doanh thu trên tờ khai GTGT, chắc chắn cơ quan thuế sẽ yêu cầu giải trình, vì đây là dấu hiệu kê khai thiếu đầu ra.

Kinh nghiệm 3: Trình bày theo cấu trúc chuẩn – rõ ràng & có căn cứ

Một bản giải trình tốt không chỉ là “có số liệu”, mà còn phải trình bày theo cấu trúc logic, dễ hiểu, có căn cứ pháp lý rõ ràng. Cấu trúc được nhiều kế toán trưởng áp dụng hiệu quả là: Vấn đề → Căn cứ pháp lý → Số liệu đối chiếu → Kết luận

Ví dụ: Chi phí tiếp khách năm 2024 tăng 160% so với 2023.

Căn cứ pháp lý: Khoản 2 Điều 6 Thông tư 78/2014/TT-BTC (được sửa đổi bởi Thông tư 96/2015/TT-BTC) quy định điều kiện chi phí được trừ.

Số liệu đối chiếu: Bảng tổng hợp chi phí tiếp khách, hóa đơn, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, đối chiếu với kế hoạch marketing đã được phê duyệt.

Kết luận: Chi phí tăng do mở rộng thị trường phía Nam, có đủ chứng từ hợp lệ, đáp ứng điều kiện được trừ.

Kinh nghiệm 4: Luôn giữ thái độ hợp tác, chuyên nghiệp khi làm việc trực tiếp với cán bộ thuế

Cách ứng xử trong quá trình làm việc trực tiếp với cán bộ thuế có thể ảnh hưởng rất lớn đến kết quả giải trình. Bạn nên: 

- Trình bày rõ ràng, bình tĩnh, không tranh luận cảm tính. Nếu có điểm chưa rõ, có thể xin thêm thời gian rà soát, không nên phản ứng vội.

- Không né tránh, không vòng vo. Cán bộ thuế rất dễ nhận ra sự thiếu minh bạch.

- Thái độ hợp tác: chủ động cung cấp tài liệu liên quan, giải thích logic thay vì đối đầu.

- Thái độ chuyên nghiệp giúp quá trình làm việc thuận lợi, tạo được niềm tin và thường dẫn đến những kết luận “mềm” hơn cho doanh nghiệp.

Kinh nghiệm 5: Có người phụ trách chính và người kiểm tra chéo bản giải trình

Giải trình thuế là công việc quan trọng, vì vậy không nên để một người vừa soạn – vừa kiểm tra – vừa gửi. Điều này dễ dẫn đến sai sót hoặc thiếu sót không đáng có.

- 1 người phụ trách chính: lập hồ sơ, tổng hợp số liệu, viết bản giải trình.

- 1 người kiểm tra chéo: rà soát logic, căn cứ pháp lý, lỗi trình bày, thiếu chứng từ.

Nếu doanh nghiệp có bộ phận kiểm soát nội bộ hoặc kiểm toán nội bộ, đây là nơi lý tưởng để thực hiện bước kiểm tra độc lập này.

Kinh nghiệm 6: Ghi chép lại toàn bộ quá trình trao đổi, làm việc để lưu hồ sơ nội bộ

Sau mỗi lần giải trình hoặc làm việc với cơ quan thuế, kế toán trưởng cần:

- Lưu giữ bản cứng và bản mềm của tất cả tài liệu đã nộp.

- Ghi chú lại nội dung làm việc, thời gian, người phụ trách, phản hồi từ cơ quan thuế.

- Lưu email trao đổi, biên bản làm việc, phản hồi chính thức.

Giải trình với cơ quan thuế khi quyết toán không chỉ là việc cung cấp số liệu mà còn là quá trình thể hiện sự chuyên nghiệp, tính tuân thủ và năng lực quản lý tài chính – kế toán của doanh nghiệp. Hy vọng qua bài viết này, Kế toán Lê Ánh đã giúp bạn hiểu rõ cách giải trình với cơ quan thuế khi quyết toán một cách hiệu quả và đúng chuẩn. Hãy chủ động trang bị kiến thức, rèn luyện kỹ năng và xây dựng quy trình giải trình bài bản — đó chính là “tấm khiên” bảo vệ doanh nghiệp trong mọi kỳ thanh – kiểm tra thuế.

>>> Tham khảo: KHOÁ HỌC KẾ TOÁN TỔNG HỢP THỰC HÀNH