Bộ Hồ Sơ Kế Toán Xuất Nhập Khẩu Thường Gồm Những Gì?

Bộ hồ sơ kế toán xuất nhập khẩu thường gồm những gì? Đây là câu hỏi mà nhiều học viên mới bắt đầu làm kế toán xuất nhập khẩu thường thắc mắc. Hồ sơ không chỉ phục vụ cho việc hạch toán mà còn là căn cứ pháp lý khi quyết toán thuế, hoàn thuế và làm việc với hải quan. Trong bài viết này, Kế toán Lê Ánh sẽ hướng dẫn bạn nắm rõ các loại chứng từ cần thiết trong từng nghiệp vụ xuất – nhập khẩu, cách lưu trữ đúng chuẩn và tránh các sai sót phổ biến.

I. Bộ Hồ Sơ Kế Toán Xuất Nhập Khẩu Là Gì?

Bộ hồ sơ kế toán xuất nhập khẩu là tập hợp các chứng từ kế toán, thuế và hải quan phát sinh trong quá trình doanh nghiệp thực hiện hoạt động mua – bán hàng hóa qua biên giới. Đây là cơ sở giúp kế toán ghi nhận, hạch toán doanh thu – chi phí đúng chuẩn và đồng thời đóng vai trò quan trọng trong việc kê khai, quyết toán, hoàn thuế với cơ quan thuế và hải quan.

1. Vai trò của hồ sơ kế toán trong hoạt động xuất nhập khẩu

Không giống như hoạt động mua bán trong nước, kế toán xuất nhập khẩu phải kiểm soát nhiều loại chi phí và chứng từ phức tạp như: cước vận chuyển quốc tế, thuế nhập khẩu, thuế GTGT hàng nhập khẩu, phí lưu kho bãi, bảo hiểm, lệ phí hải quan… Hồ sơ kế toán chính là cơ sở để:

Ghi nhận đúng bản chất nghiệp vụ kinh tế phát sinh.
Hạch toán chính xác giá vốn, doanh thu và chi phí liên quan.
Đảm bảo tính hợp pháp – hợp lệ – hợp lý khi kê khai và quyết toán thuế.
Giải trình khi thanh tra, kiểm toán hoặc xin hoàn thuế GTGT đầu vào.

2. Sự khác biệt giữa hồ sơ kế toán thông thường và hồ sơ kế toán XNK

Điểm khác biệt lớn nhất nằm ở sự đa dạng và nguồn gốc chứng từ:

Hồ sơ kế toán thông thường chủ yếu gồm: hóa đơn, phiếu nhập – xuất kho, chứng từ ngân hàng, hợp đồng nội địa.
Hồ sơ kế toán xuất nhập khẩu bao gồm cả chứng từ trong nước và quốc tế, như: hợp đồng ngoại thương, hóa đơn thương mại (Commercial Invoice), vận đơn (Bill of Lading), tờ khai hải quan, CO, CQ, và nhiều chứng từ logistics khác.

Ngoài ra, việc xử lý tỷ giá, phân bổ chi phí và khấu trừ thuế GTGT hàng nhập khẩu cũng đòi hỏi chuyên môn sâu hơn.

3. Căn cứ pháp lý liên quan

Việc lập và lưu trữ hồ sơ kế toán xuất nhập khẩu được quy định tại các văn bản pháp luật sau:

- Luật Kế toán sửa đổi năm 2025, có hiệu lực từ 01/01/2025, bổ sung các quy định liên quan đến chứng từ điện tử, chữ ký số, và yêu cầu về lưu trữ chứng từ trong bối cảnh chuyển đổi số;

- Thông tư 32/2025/TT-BTC quy định mới về hóa đơn điện tử áp dụng với hoạt động XNK, thay thế cho Thông tư 78/2021/TT-BTC;

- Thông tư 29/2025/TT-BTC hướng dẫn cập nhật về chứng từ hải quan trong trường hợp gửi hàng qua chuyển phát nhanh quốc tế;

- Các thông tư vẫn còn hiệu lực như Thông tư 200/2014/TT-BTC (chế độ kế toán doanh nghiệp), Thông tư 38/2015/TT-BTC và Thông tư 39/2018/TT-BTC hướng dẫn thủ tục hải quan, quản lý thuế đối với hàng hóa XNK.

Kế toán viên và doanh nghiệp cần theo dõi sát các cập nhật mới nhất từ Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan để đảm bảo bộ hồ sơ lập ra vừa đầy đủ về nội dung, vừa đúng chuẩn về hình thức theo quy định pháp luật hiện hành.

II. Hồ Sơ Kế Toán Đối Với Hàng Xuất Khẩu Gồm Những Gì?

Danh mục chứng từ cần có cho hàng xuất khẩu

Tùy theo hình thức xuất khẩu (xuất khẩu trực tiếp, ủy thác, gia công, SXXK…), hồ sơ kế toán sẽ có các chứng từ cơ bản sau:

Hợp đồng ngoại thương (Sales Contract): thể hiện thỏa thuận mua bán giữa doanh nghiệp trong nước và đối tác nước ngoài;
Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice): chứng từ xác nhận giá trị giao dịch, là cơ sở hạch toán doanh thu và kê khai hải quan;
Phiếu đóng gói (Packing List): mô tả chi tiết số lượng và quy cách đóng gói hàng hóa;
Vận đơn (Bill of Lading) hoặc Airway Bill: chứng từ vận chuyển, thể hiện quyền sở hữu và giao nhận hàng hóa;
Chứng từ khác (nếu có): giấy chứng nhận xuất xứ (C/O), kiểm định chất lượng (C/Q), chứng từ bảo hiểm, chứng nhận kiểm dịch…

Các chứng từ trên thường ở dạng bản gốc hoặc bản sao điện tử hợp pháp, là căn cứ bắt buộc để xác nhận giao dịch xuất khẩu phát sinh thực tế.
Chứng từ kế toán nội bộ và chứng từ hải quan

Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ (nếu có): thể hiện việc điều chuyển hàng từ kho tới địa điểm giao hàng;
Hóa đơn giá trị gia tăng (VAT) hoặc hóa đơn xuất khẩu: được lập khi giao hàng và là cơ sở ghi nhận doanh thu;
Tờ khai hải quan điện tử (tờ khai xuất khẩu): đã được thông quan, có đầy đủ ngày tờ khai, số vận đơn và trị giá tính thuế (nếu có).

Tất cả các chứng từ này cần được đối chiếu kỹ trước khi lập bút toán hạch toán để đảm bảo tính chính xác và phù hợp với quy định kế toán hiện hành.

Lưu ý khi hạch toán và kiểm tra chứng từ đầu ra

- Kiểm tra sự khớp nhau giữa số lượng hàng hóa trên hợp đồng, invoice, packing list, tờ khai và hóa đơn đầu ra;

- Xác định tỷ giá ngoại tệ đúng theo ngày giao dịch thực tế hoặc ngày ghi nhận doanh thu, theo hướng dẫn tại Thông tư 200;

- Lưu ý thời điểm ghi nhận doanh thu: thường là khi doanh nghiệp hoàn thành nghĩa vụ giao hàng theo điều kiện Incoterms (FOB, CIF…);

- Phân loại thuế suất GTGT: hàng hóa xuất khẩu đủ điều kiện được áp dụng thuế suất 0%, nhưng kế toán cần lưu hồ sơ đầy đủ để chứng minh và đảm bảo điều kiện khấu trừ – hoàn thuế;

- Trường hợp xuất khẩu ủy thác hoặc gia công: cần bổ sung thêm hợp đồng ủy thác, biên bản bàn giao, và chứng từ chứng minh trách nhiệm pháp lý về hàng hóa.

III. Hồ Sơ Kế Toán Đối Với Hàng Nhập Khẩu Gồm Những Gì?

1. Danh mục chứng từ cần thiết

Khi nhập khẩu hàng hóa từ nước ngoài, bộ hồ sơ kế toán cần có đầy đủ các chứng từ sau:

- Hợp đồng ngoại thương (Contract): Là căn cứ pháp lý ràng buộc trách nhiệm giữa bên bán và bên mua;

- Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice – CI): Ghi rõ trị giá hàng hóa và là căn cứ tính thuế nhập khẩu, thuế GTGT;

- Phiếu đóng gói (Packing List – PL): Thể hiện chi tiết cách đóng gói, trọng lượng và số lượng hàng hóa;

- Vận đơn (Bill of Lading – B/L): Chứng từ vận chuyển, xác nhận quyền nhận hàng;

- Tờ khai hải quan nhập khẩu: Được khai báo qua hệ thống điện tử hải quan, là căn cứ bắt buộc để xác định thời điểm hàng về và tính thuế;

- Chứng nhận xuất xứ (Certificate of Origin – C/O): Giúp xác định ưu đãi thuế nhập khẩu nếu có;

- Phiếu nhập kho: Ghi nhận việc hàng hóa đã được đưa vào kho doanh nghiệp.

Tất cả chứng từ cần được lưu trữ đầy đủ cả bản giấy và điện tử theo quy định hiện hành.

2. Hóa đơn đầu vào và chứng từ nộp thuế nhập khẩu

- Hóa đơn đầu vào: Được cung cấp bởi đơn vị logistics, đơn vị làm dịch vụ hải quan, hoặc nhà cung cấp dịch vụ nhập khẩu ủy thác, bao gồm chi phí vận chuyển quốc tế, phí thông quan, lưu kho bãi...

- Chứng từ nộp thuế nhập khẩu và thuế GTGT hàng nhập khẩu:

Giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước (theo mẫu C1-02/NS);
Bảng kê thuế từ tờ khai hải quan có xác nhận “đã nộp thuế” qua hệ thống;
Biên lai nộp thuế hoặc ủy nhiệm chi nếu nộp qua ngân hàng.

Các chứng từ này là điều kiện bắt buộc để kế toán được hạch toán chi phí hợp lý và khấu trừ thuế GTGT theo quy định.

3. Đối chiếu với hạch toán kế toán và khấu trừ thuế GTGT

Kế toán viên cần lưu ý các bước đối chiếu và xử lý:

- Hạch toán chi phí nhập khẩu: Gồm giá mua hàng hóa + các loại chi phí liên quan (vận chuyển quốc tế, bảo hiểm, bốc xếp, phí hải quan...) → tất cả được cộng vào giá trị hàng nhập khẩu;

- Xác định tỷ giá ngoại tệ: Theo tỷ giá giao dịch thực tế tại thời điểm thanh toán hoặc tỷ giá hải quan áp dụng khi kê khai;

- Khấu trừ thuế GTGT hàng nhập khẩu: Chỉ được thực hiện khi có đầy đủ chứng từ nộp thuế và hóa đơn đầu vào hợp lệ. Kế toán cần đưa vào tờ khai thuế GTGT hàng tháng/quý đúng thời điểm phát sinh;

- Đối chiếu số lượng và giá trị hàng hóa trên các chứng từ: Đảm bảo khớp giữa hợp đồng – invoice – packing list – tờ khai – phiếu nhập kho – sổ kế toán.

IV. Quy Trình Lưu Trữ Hồ Sơ Kế Toán Xuất Nhập Khẩu Hiệu Quả

1. Phân loại hồ sơ theo từng lô hàng hoặc theo kỳ kế toán

Để thuận tiện cho việc truy xuất và kiểm tra sau này, doanh nghiệp nên áp dụng một trong hai cách phân loại hồ sơ:

- Phân loại theo từng lô hàng: Mỗi lô hàng xuất – nhập khẩu sẽ có một bộ hồ sơ riêng. Cách này phù hợp với doanh nghiệp hoạt động theo đơn hàng hoặc theo từng hợp đồng cụ thể.

- Phân loại theo kỳ kế toán: Sắp xếp hồ sơ theo tháng hoặc quý, nhóm chứng từ theo nghiệp vụ (mua hàng, bán hàng, vận chuyển, tờ khai, thuế…). Cách này giúp thuận tiện khi lập báo cáo tài chính và kê khai thuế định kỳ.

Việc phân loại nên được áp dụng nhất quán ngay từ đầu để tránh nhầm lẫn và tiết kiệm thời gian rà soát.

2. Sử dụng phần mềm, mã hóa chứng từ và bảo mật

Trong xu hướng chuyển đổi số hiện nay, doanh nghiệp nên ưu tiên lưu trữ hồ sơ kế toán xuất nhập khẩu bằng hình thức điện tử, với các giải pháp sau:

Sử dụng phần mềm quản lý chứng từ hoặc phần mềm kế toán tích hợp XNK: cho phép lưu trữ, tìm kiếm, phân quyền truy cập và sao lưu dữ liệu.
Mã hóa chứng từ: đặt mã cho từng loại hồ sơ theo logic (ví dụ: XK-2025-001 cho bộ hồ sơ xuất khẩu tháng 01/2025), tránh trùng lặp và thất lạc.
Sao lưu định kỳ: lưu trữ đồng thời trên máy chủ nội bộ và nền tảng điện toán đám mây, có mật khẩu và phân quyền rõ ràng cho người dùng.
Bảo mật hồ sơ nhạy cảm: như hợp đồng, tờ khai trị giá lớn, chứng từ nộp thuế… tránh rò rỉ gây thiệt hại cho doanh nghiệp.

3. Quy định thời gian lưu trữ và kiểm tra nội bộ định kỳ

Theo quy định hiện hành tại Luật Kế toán, hồ sơ kế toán cần được lưu trữ tối thiểu:

5 năm đối với chứng từ không trực tiếp sử dụng để ghi sổ kế toán hoặc lập báo cáo tài chính (ví dụ: bảng kê, phiếu tạm);
10 năm đối với chứng từ quan trọng như hóa đơn, tờ khai hải quan, chứng từ nộp thuế, hợp đồng ngoại thương.

Ngoài ra, doanh nghiệp nên xây dựng quy trình kiểm tra nội bộ định kỳ, tối thiểu 6 tháng/lần:

Rà soát bộ hồ sơ đã lưu: đầy đủ, khớp dấu, đúng mẫu biểu;
So sánh chứng từ với sổ kế toán, báo cáo thuế, báo cáo tài chính;
Phát hiện sớm rủi ro thiếu sót, sai sót, hoặc hồ sơ không hợp lệ để điều chỉnh kịp thời.

Nắm rõ và lưu trữ đúng chuẩn bộ hồ sơ kế toán xuất nhập khẩu giúp doanh nghiệp vận hành minh bạch, tránh được nhiều rủi ro về thuế. Tuy nhiên, để hiểu và vận dụng thành thạo từng loại chứng từ trong thực tế, kế toán viên cần được đào tạo bài bản và thực hành trên chứng từ thực tế.

Nếu bạn đang tìm kiếm một khóa học kế toán xuất nhập khẩu chất lượng, sát thực tiễn và có sự hướng dẫn từ giảng viên nhiều kinh nghiệm trong ngành, hãy tham khảo chương trình đào tạo tại Kế toán – Xuất nhập khẩu Lê Ánh. Khóa học là lựa chọn phù hợp cho cả người mới bắt đầu và kế toán đang làm trong doanh nghiệp XNK muốn nâng cao chuyên môn.